Certignano rappresenta un sito molto importante per il Valdarno. Naturalmente il nome è romano e deriva da un prediale che è inserito nella “Tavola peutingeriana” con il nome “ad Casas Caesarianas”.
Era quindi una mansio di riferimento per chi, sull’itinerario Antonino, si recava da “Arretium a Faesulae”. La chiesa di San Donato è succedanea della Pieve di Castelfranco dal 1708 ed è anche quella di confine fra la Diocesi di Fiesole, a cui appartiene, e quella di Arezzo che da qui comincia. 
Il luogo è sempre stato “aperto” nel senso che non fu mai incastellato, ma abitato da coloni e mezzadri. Negli anni tra il 1760 ed il 1764 il marchese Ludovico Tempi edificò la villa, probabilmente modificando una abitazione esistente e facendola divenire una sua residenza estiva. Nel 1770 Ferdinando Marzi Medici venne dichiarato erede universale del prozio Benedetto Tempi ultimo discendente della famiglia, con l’obbligo di assumerne il cognome. Pochi anni dopo, alla fine del Settecento, Maddalena Marzi Medici Tempi, figlia di Ferdinando e ultima discendente della sua famiglia, sposò Piero Vettori, determinando il confluire nei Vettori dell’eredità e del nome dei Marzi Medici Tempi. In seguito le famiglie Placidi e Bargagli, divennero eredi ultime del patrimonio Vettori e quindi anche della Villa.
Nel 1902 il Marchese Piero Bargagli ristrutturò la Villa e la Fattoria, dandole le forme che attualmente si possono vedere ed inserendo il grande stemma policromo della facciata e costruendo il passaggio sopraelevato che le unisce. Ancora più tardi il complesso fu di proprietà dell’armatore Costa e, in progressiva decadenza, dell’Arciconfraternita della Misericordia di Siena. Fu acquistata nel 1967 da tre soci, due della famiglia Messina ed uno di nome Siragusa. Nel 1970 la società si divise con la Villa che rimase alla famiglia Siragusa e la fattoria alla famiglia Messina. I nuovi proprietari vi eseguirono numerosi lavori di ristrutturazione che portarono i fabbricati alle attuali ottime condizioni. L’edificio della Villa, sebbene sia di forma quadrangolare molto regolare, appare molto piacevole per la semplicità e la sostanziale linearità delle finestre riquadrate di pietra serena e dalla presenza del loggiato dell’ultimo piano, eseguito con cinque luci ad archi ribassati su grossi pilastri, sottolineati ed evidenziati da un davanzale continuo in pietra. L’edificio composto di tre piani ha al piano nobile un salone di rappresentanza con piacevoli stucchi e decorazioni a motivi floreali.
