La chiesa di Sant’Agata ha una storia più che millenaria. Il popolo dei Goti, di fede ariana, intitolò molte chiese nel territorio aretino ed in quello fiesolano a questa santa, fra le quali anche questa. Il nome stesso “arfoli” è indicato come una parola usata da questo popolo. 
Quindi la chiesa è sicuramente esistente ben prima del Mille. Il patronato della chiesa apparteneva in età altomedioevale ai Conti Guidi, la famiglia più potente del territorio. I primi documenti scritti che attestano l’esistenza della chiesa sono della prima metà del XIII° secolo, atti rogati in situ per delle vendite di terreni e case o relativi al pagamento di gabelle e livelli. A partire da questo secolo la chiesa di Arfoli faceva stabilmente parte del piviere di San Pietro a Cascia, ma aveva una certa autonomia dal momento che sono documentati dei gruppi di religiosi, i “Canonici” che formavano un “Capitolo”, cioè vivevano in comunità sotto una Regola al diretto controllo del Vescovo di Fiesole. Nel 1370 il Priore del Capitolo ed i Canonici decisero la loro unione al monastero di Vallombrosa e l’atto fu firmato effettivamente nel 1374.
Il patronato sulla chiesa era passato nel frattempo alla famiglia degli Ardimanni, che erano diventati i maggiori possidenti terrieri del circondario. Il complesso della chiesa è costituito dall’edificio religioso, dal campanile, dal chiostro e dalla canonica. La forma della chiesa è a croce latina, cioè ad unica navata con due cappelle all’altezza del presbiterio, concordemente con quello che era il carattere dei cenobi che si differenziavano dalle Pievi che erano di forma basilicale, di solito spartita in più navate. La torre del campanile è addossata alla parete ed è coeva. Le pareti sono definite dalle linee dei conci di arenaria e un bellissimo ed uniforme filaretto. Sul davanti, in periodo successivo, è stato eretto un portico con quattro colonne molto semplici. Alla destra, ancora sotto il portico, si apre un passaggio che conduce al chiostro. Sull’architrave è scolpita la data del 1228. Il chiostro è molto elegante e molte delle colonne che sorreggono il tetto sono quelle originali del XIII° secolo. Numerose sono le opere d’arte che sono presenti in chiesa, siano esse affreschi o manufatti. Solo una visita approfondita può darne conto.
